SpringBoot scanne notre CLASSPATH à la recherche de tous les frameworks connus pour les instancier pour nous (parce que nous sommes sûrement de gros débiles). Aussi, dès qu'il trouve l'existence de Flyway dans votre CLASSPATH , il charge une instance de Flyway dès démarrage de Spring et exécute automatiquement un DB migrate (déjà l'aspect "tu touches à ma base sans me demander mon avis" m'énerve au plus au point mais admettons).

Bref, nous devons dire explicitement à Spring d'exclure Flyway de l'auto-instanciation et donc voici la solution :

@EnableAutoConfiguration(exclude=FlywayAutoConfiguration.class)