En résumé si l'on passe par un contexte Spring chargé au moyen de la classe AnnotationConfigApplicationContext nous avons :

@Bean
@Scope(ConfigurableBeanFactory.SCOPE_PROTOTYPE)
public RepositoryFactorySupport userRepository(EntityManager entityManager) {
    return new JpaRepositoryFactory(entityManager);
}

@Bean
@Scope(ConfigurableBeanFactory.SCOPE_PROTOTYPE)
public UserRepository userRepository(RepositoryFactorySupport factory) {
    return factory.getRepository(UserRepository.class);
}

N.B : j'ai supposé que tout était en scope prototype puisque tout utilise un EntityManager qui est une entité recréée à chaque fois et qui est jetable.