En quatre étapes :

1) Récupérer le certificat au format TXT

openssl s_client -connect mon-domaine:443 > mon-certif.pem

2) Nettoyer le fichier TXT pour ne garder que ce qu'il y a entre les sections BEGIN CERTIFICATE et END CERTIFICATE inclus, par exemple :

-----BEGIN CERTIFICATE-----
MIIDnzCCAocCBE/xnXAwDQYJKoZIhvcNAQEFBQAwgZMxCzAJBgNVBAYTAkRFMRUw
EwYDVQQIEwxMb3dlciBTYXhvbnkxEjAQBgNVBAcTCVdvbGZzYnVyZzEYMBYGA1UE
ChMPU2FhUy1TZWN1cmUuY29tMRowGAYDVQQDFBEqLnNhYXMtc2VjdXJlLmNvbTEj
MCEGCSqGSIb3DQEJARYUaW5mb0BzYWFzLXNlY3VyZS5jb20wHhcNMTIwNzAyMTMw
OTA0WhcNMTMwNzAyMTMwOTA0WjCBkzELMAkGA1UEBhMCREUxFTATBgNVBAgTDExv
d2VyIFNheG9ueTESMBAGA1UEBxMJV29sZnNidXJnMRgwFgYDVQQKEw9TYWFTLVNl
Y3VyZS5jb20xGjAYBgNVBAMUESouc2Fhcy1zZWN1cmUuY29tMSMwIQYJKoZIhvcN
AQkBFhRpbmZvQHNhYXMtc2VjdXJlLmNvbTCCASIwDQYJKoZIhvcNAQEBBQADggEP
ADCCAQoCggEBAMUZ472W3EVFYGSHTgFV0LR2YVE1U//sZimhCKGFBhH3ZfGwqtu7
mzOhlCQef9nqGxgH+U5DG43B6MxDzhoP7R8e1GLbNH3xVqMHqEdcek8jtiJvfj2a
pRSkFTCVJ9i0GYFOQfQYV6RJ4vAunQioiw07OmsxL6C5l3K/r+qJTlStpPK5dv4z
Sy+jmAcQMaIcWv8wgBAxdzo8UVwIL63gLlBz7WfSB2Ti5XBbse/83wyNa5bPJPf1
U+7uLSofz+dehHtgtKfHD8XpPoQBt0Y9ExbLN1ysdR9XfsNfBI5K6Uokq/tVDxNi
SHM4/7uKNo/4b7OP24hvCeXW8oRyRzpyDxMCAwEAATANBgkqhkiG9w0BAQUFAAOC
AQEAp7S/E1ZGCey5Oyn3qwP4q+geQqOhRtaPqdH6ABnqUYHcGYB77GcStQxnqnOZ
MJwIaIZqlz+59taB6U2lG30u3cZ1FITuz+fWXdfELKPWPjDoHkwumkz3zcCVrrtI
ktRzk7AeazHcLEwkUjB5Rm75N9+dOo6Ay89JCcPKb+tNqOszY10y6U3kX3uiSzrJ
ejSq/tRyvMFT1FlJ8tKoZBWbkThevMhx7jk5qsoCpLPmPoYCEoLEtpMYiQnDZgUc
TNoL1GjoDrjgmSen4QN5QZEGTOe/dsv1sGxWC+Tv/VwUl2GqVtKPZdKtGFqI8TLn
/27/jIdVQIKvHok2P/u9tvTUQA==
-----END CERTIFICATE-----

3) Dire à git d'aller chercher ce certificat

git config --global http.sslCAInfo /mon/chemin/vers/mon/certif.pem

4) S'assurer que la vérification SSL/TLS n'est pas désactivée dans Git

git config --global http.sslVerify true

Procotols de sécurité TLS, SSL, RSA et AES