Explication du problème :
La plupart du temps, les VM sont synchronisées avec l'horloge de l'hyperviseur directement et non un serveur de temps. Ce dernier étant lui-même synchronisé avec un serveur NTP (ndr. le serveur de temps).

Le fait est que la synchronisation des threads en Java s'appuie sur des mécanismes de pool de threads et de mise en pause pendant certaines durées ; durées définies par la JVM elle-même et le garbage collector. Or, l'hyperviseur peut - pour des raisons de performances et en cas de partage des ressources physiques entre plusieurs VM - désynchroniser l'horloge des VM avec le "vrai" temps.

Par exemple, il peut y avoir une pause de l'horloge qui dure 40 secondes et l'hyperviseur choisira alors de synchroniser un grand coup les horloges de toutes les VM en cours d'exécution.

Et alors, quel est le problème avec Java ?
Tout simplement qu'à cet instant, tous les threads qui auraient du n'être en pause que quelques millisecondes vont s'activer un grand coup simultanément ce qui va fortement augmenter la charge du CPU et dégrader énormément les performances (puisqu'il n'y a plus partage des ressources via une attribution séquentielle mais concurrence pour accéder à la même ressource : le CPU).

Bref, c'est du caca. En résumé, toujours synchronisez vos VM avec un serveur NTP.