Pour faire fonctionner sonar avec maven :

1) Télécharger la dernière version de SonarQube et décompresser l'archive à l'endroit souhaité;

2) Editer le fichier $MAVEN_HOME/conf/settings.xml pour qu'il contienne la conf suivante (en adaptant la valeur myserver) :

<settings>
    <pluginGroups>
        <pluginGroup>org.sonarsource.scanner.maven</pluginGroup>
    </pluginGroups>
    <profiles>
        <profile>
            <id>sonar</id>
            <activation>
                <activeByDefault>true</activeByDefault>
            </activation>
            <properties>
                <!-- Optional URL to server. Default value is http://localhost:9000 -->
                <sonar.host.url>
                  http://myserver:9000
                </sonar.host.url>
            </properties>
        </profile>
     </profiles>
</settings>

3) Ajouter le plugin suivant dans le POM parent de votre projet maven (en changeant la version si besoin) :

<build>
  <pluginManagement>
    <plugins>
      <plugin>
        <groupId>org.sonarsource.scanner.maven</groupId>
        <artifactId>sonar-maven-plugin</artifactId>
        <version>3.5.0.1254</version>
      </plugin>
    </plugins>
  </pluginManagement>
</build>

4) Lancer sonar :

$SONAR_HOME/bin/$OS/sonar.sh start

5) Se positionner avec la console à la racine du projet maven, puis :

mvn clean install
mvn sonar:sonar

6) Avec un navigateur, aller à l'adresse spécifiée dans le settings.xml (ici myserver:9000). Puis aller dans Projects et sélectionner le projet souhaité.

Edit : cette façon de faire n'est pas la meilleure car elle modifie la configuration générale de maven. Pour utiliser sonar au cas par cas selon le projet, il faut plutôt privilégier cette façon de faire.